| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
|
Data corrente: |
19/05/2017 |
|
Data da última atualização: |
30/12/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. |
|
Afiliação: |
NEDENIA BONVINO STAFUZZA, FCAV/Unesp; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; TATIANE CRISTINA SELEGUIM CHUD, FCAV/Unesp; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; DANÍSIO PRADO MUNARI, FCAV/Unesp; DORIAN J. GARRICK, Iowa State University; MARCO ANTONIO MACHADO, CNPGL; MARTA FONSECA MARTINS, CNPGL; MARIA RAQUEL CARVALHO, UFMG; JOHN BRUCE COLE, Agricultural Research Service; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
|
Título: |
Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. |
|
Ano de publicação: |
2017 |
|
Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 12, n. 3, p. 1-15, 2017. |
|
DOI: |
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0173954 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Notas: |
Artigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva. |
|
Conteúdo: |
Whole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associated molecular mechanisms that impact economically important traits for Gyr, Girolando, Guzerat and Holstein breeding programs. MenosWhole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associated... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Genetic variants; Genomic markers; Important traits; Molecular mechanisms; Polimorfismo de nucleotídeo único; Potential genomic markers; Raças bovinas; Single nucleotide variations. |
|
Thesagro: |
Gado; Variação genética. |
|
Thesaurus Nal: |
Cattle breeds; Genome; Single nucleotide polymorphism; Sires. |
|
Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/171980/1/AP-Single-nucleotide-Stafuzza-etal.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161515/1/Cnpgl-2017-PlosOne-Stafuzza-Single.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/180929/1/journal.pone.0173954.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 03086naa a2200457 a 4500
001 2086824
005 2020-12-30
008 2017 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1371/journal.pone.0173954$2DOI
100 1 $aSTAFUZZA, N. B.
245 $aSingle nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds.$h[electronic resource]
260 $c2017
500 $aArtigo e0173954. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva.
520 $aWhole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine HD BeadChip array and the same variants identified by sequencing was about 99.05%. The annotation of variants identified numerous non-synonymous SNVs and frameshift InDels which could affect phenotypic variation. Functional enrichment analysis was performed and revealed that variants in the olfactory transduction pathway was over represented in all four cattle breeds, while the ECM-receptor interaction pathway was over represented in Girolando and Guzerat breeds, the ABC transporters pathway was over represented only in Holstein breed, and the metabolic pathways was over represented only in Gyr breed. The genetic variants discovered here provide a rich resource to help identify potential genomic markers and their associated molecular mechanisms that impact economically important traits for Gyr, Girolando, Guzerat and Holstein breeding programs.
650 $aCattle breeds
650 $aGenome
650 $aSingle nucleotide polymorphism
650 $aSires
650 $aGado
650 $aVariação genética
653 $aGenetic variants
653 $aGenomic markers
653 $aImportant traits
653 $aMolecular mechanisms
653 $aPolimorfismo de nucleotídeo único
653 $aPotential genomic markers
653 $aRaças bovinas
653 $aSingle nucleotide variations
700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
700 1 $aLOBO, F. P.
700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
700 1 $aCHUD, T. C. S.
700 1 $aCAETANO, A. R.
700 1 $aMUNARI, D. P.
700 1 $aGARRICK, D. J.
700 1 $aMACHADO, M. A.
700 1 $aMARTINS, M. F.
700 1 $aCARVALHO, M. R.
700 1 $aCOLE, J. B.
700 1 $aSILVA, M. V. G. B.
773 $tPlos One$gv. 12, n. 3, p. 1-15, 2017.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
|
Data corrente: |
15/10/2001 |
|
Data da última atualização: |
18/07/2011 |
|
Autoria: |
NUTTO, L.; TONINI, H.; BORSOI, G. A.; MOSKOVICH, F. A.; SPATHELF, P. |
|
Título: |
Utilização dos parâmetros da copa para avaliar o espaço vital em povoamentos de Pinus elliottii Engelm. |
|
Ano de publicação: |
2001 |
|
Fonte/Imprenta: |
Boletim de Pesquisa Florestal, Colombo, n. 42, p. 109-122, jan./jun. 2001. |
|
ISSN: |
1517-6371 |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Foram estimados os parametros diametro da copa, comprimento da copa, superficie de copa de Pinus elliottii para avaliar o espaco vital necessario para obter um crescimento em diametro desejado. Alem disso, foi comparado o metodo dos quatro raios de angulos fixos com o de oito raios de angulos variaveis em relacao a precisao na estimativa da area de copa. os dados foram coletados em povoamentos de Pinus elliottii, distribuidos sobre idades que variaram de 18 a 21 anos em quatro municipios, localizados na Serra do Sudeste e litoral do Estado do Rio Grande do Sul. Em cada unidade amostral foram medidos o diametro a altura do peito, altura total, altura de insercao da copa e projecao das copas das tres arvores mais grossas, sendo que foram medidos quatro raios de copa no sentido Norte, Sul, Leste e Oeste, totalizando 42 unidades amostrais e 154 arvores medidas. A variavel comprimento da copa, por apresentar menor coeficiente de variacao, mostrou-se a variavel mais indicada para determinar o espaco vital necessario para se obter um diametro desejado. o metodo dos oito raios com angulos variaveis mostrou a superioridade na estimativa do diametro da copa, sendo que o metodo dos quatro raios com angulos fixos subestimou o diametro da copa em 77%. Agrande variacao encontrada na analise dos dados indica que e necessaria a estratificacao da amostragem por sitio, idade do povoamento e regime silvicultural. |
|
Palavras-Chave: |
Crescimento diametrico; Diameter growth; Growing space; Plantation silviculture. |
|
Thesagro: |
Silvicultura. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/CNPF-2009-09/15690/1/nutto.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02133naa a2200241 a 4500
001 1289877
005 2011-07-18
008 2001 bl uuuu u00u1 u #d
022 $a1517-6371
100 1 $aNUTTO, L.
245 $aUtilização dos parâmetros da copa para avaliar o espaço vital em povoamentos de Pinus elliottii Engelm.
260 $c2001
520 $aForam estimados os parametros diametro da copa, comprimento da copa, superficie de copa de Pinus elliottii para avaliar o espaco vital necessario para obter um crescimento em diametro desejado. Alem disso, foi comparado o metodo dos quatro raios de angulos fixos com o de oito raios de angulos variaveis em relacao a precisao na estimativa da area de copa. os dados foram coletados em povoamentos de Pinus elliottii, distribuidos sobre idades que variaram de 18 a 21 anos em quatro municipios, localizados na Serra do Sudeste e litoral do Estado do Rio Grande do Sul. Em cada unidade amostral foram medidos o diametro a altura do peito, altura total, altura de insercao da copa e projecao das copas das tres arvores mais grossas, sendo que foram medidos quatro raios de copa no sentido Norte, Sul, Leste e Oeste, totalizando 42 unidades amostrais e 154 arvores medidas. A variavel comprimento da copa, por apresentar menor coeficiente de variacao, mostrou-se a variavel mais indicada para determinar o espaco vital necessario para se obter um diametro desejado. o metodo dos oito raios com angulos variaveis mostrou a superioridade na estimativa do diametro da copa, sendo que o metodo dos quatro raios com angulos fixos subestimou o diametro da copa em 77%. Agrande variacao encontrada na analise dos dados indica que e necessaria a estratificacao da amostragem por sitio, idade do povoamento e regime silvicultural.
650 $aSilvicultura
653 $aCrescimento diametrico
653 $aDiameter growth
653 $aGrowing space
653 $aPlantation silviculture
700 1 $aTONINI, H.
700 1 $aBORSOI, G. A.
700 1 $aMOSKOVICH, F. A.
700 1 $aSPATHELF, P.
773 $tBoletim de Pesquisa Florestal, Colombo$gn. 42, p. 109-122, jan./jun. 2001.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|
